Firma Mega Systems powstała w 1996 roku jako Mega, a w 1998 zmieniła nazwę na Mega Systems. Została ona założona przez byłych pracowników firmy CDN. Od początku swojego istnienia zajmuje się sprzedażą i wdrażaniem oprogramowania do wspomagania prowadzenia firm produkcji Comarch S.A. (dawniej CDN) oraz tworzeniem własnych autorskich aplikacji.